โรงเรียนวัดขนอนบ้านกรด ก่อตั้งเมื่อ วันที่ 8 สิงหาคม พ.ศ. 2495 ใช้ศาลาการเปรียญ

วัดขนอนเหนือเป็นที่เรียน โดยเรียกว่า “โรงเรียนวัดขนอนเหนือ” เปิดทำการสอนตั้งแต่ระดับชั้น

ป.1 – ป.4  มีนักเรียนรุ่นแรก จำนวน 59 คน ต่อมาพุทธศักราช 2498  ได้รับงบประมาณก่อสร้างเอกเทศถาวร 1 หลัง 3 ห้องเรียน นำนักเรียนขึ้นเรียน เมื่อวันที่ 22 พฤษภาคม พ.ศ. 2499 และเปลี่ยนชื่อโรงเรียนใหม่ว่า “โรงเรียนขนอน” ตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2500

“โรงเรียนบ้านกรด” เดิมเป็นโรงเรียนประถมปลาย รูปแบบมัธยมกรมสามัญศึกษา ก่อตั้งเมื่อ 19 มิถุนายน 2506  บนที่ดินวัดขนอนใต้ พื้นที่ 7 ไร่ 1 งาน (ที่ตั้งโรงเรียนวัดขนอนบ้านกรดในปัจจุบัน)

วันที่ 1 พฤษภาคม 2506 เปิดทำการสอนระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 5-7 โดยรับนักเรียนที่จบการศึกษาระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 จากโรงเรียนในเขตพื้นที่ใกล้เคียง พุทธศักราช 2530 ได้ดำเนินการยุบรวมโรงเรียนวัดขนอนเหนือและโรงเรียนบ้านกรด โดยเปลี่ยนชื่อโรงเรียนใหม่ว่า “โรงเรียนวัดขนอนบ้านกรด”ภายหลังจาก “โรงเรียนบ้านกรด”ยุบรวมกับ “โรงเรียนวัดขนอน” การเรียนการสอนยังคงใช้อาคารสถานที่วัดขนอนเหนือ เปิดการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาล-ประถมศึกษาปีที่ 6 ส่วนโรงเรียนบ้านกรดถูกทิ้งร้างจนกระทั่งพุทธศักราช 2533 นายยงยุทธ รักธรรม ดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ มีนโยบายในการซ่อมแซม ได้รับเงินสนับสนุนจากพระครูวินยากรณ์ จำนวน 50,000 บาท 1 พฤษภาคม 2536 ย้ายนักเรียนระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 5-6 มายังโรงเรียนวัดขนอนบ้านกรด และเปิดรับนักเรียนระดับมัธยมศึกษาตอนต้น มีนักเรียนระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 รุ่นแรก จำนวน 29 คน พุทธศักราช 2546 ย้ายนักเรียนทั้งหมดมาเรียนที่โรงเรียนวัดขนอนบ้านกรดปัจจุบัน พุทธศักราช 2553 นายเฉลียว สายพิน ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน ได้พัฒนาสภาพแวดล้อมร่วมกับภาคเอกชนและคุณชาญณรงค์ สุ่นมหาคุณ เจ้าของร้านบิ๊กบะหมี่ พุทธศักราช 2554 ทำก่อสร้างอาคารเรียน “อาคารหลวงพ่อพรหม” พุทธศักราช 2556 ทอดผ้าป่าเพื่อการศึกษา ซ่อมแซมอาคารบ้านกรดแบบกรมสามัญ ต่อมาในปีพุทธศักราช 2559 นายบัญชา ปลื้มอารมย์ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน ดำเนินการทอดผ้าป่าเพื่อการศึกษา ก่อสร้างรั้วและป้ายชื่อโรงเรียน ปรับปรุงห้องเรียน และสภาพแวดล้อมภายในโรงเรียน ปี พ.ศ. 2562 ดีดอาคารเรียนบ้านกรด